PERL::BiOiNFORMATiCA

Programando PERL a serviço da Biologia!
Discussão sobre assuntos gerais de Bioinformática.

quarta-feira, 20 de agosto de 2008

Markov Chain Monte Carlo (MCMC)

Alguém tem experiência/conhece alguém que tem experiência com esse algoritmo? Gostaria de algumas indicações de literatura... :)

sexta-feira, 15 de agosto de 2008

Mistério....

Leia atentamente as duas notícias abaixo:

Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia abre 25 vagas

São 5 vagas para pesquisador adjunto, da carreira de pesquisa em ciência e tecnologia, 7 para tecnologista pleno, da carreira de desenvolvimento tecnológico, que exigem título de doutorado. O salário é de R$ 3.137,93

TRT-SP abre concurso para 21 vagas e cadastro: até R$ 6 mil

O Tribunal Regional do Trabalho da 2ª Região (São Paulo) abriu concurso para analista e técnico judiciário. Os salários são, respectivamente, de R$ 6.007,70 e R$ 3.651,87
São nove vagas e formação de cadastro para analista, que exige nível superior, e 12 vagas e cadastro para técnico, de nível médio.

Alguém pode me explicar qual a lógica por trás de um analista com doutorado ganhar menos do que um técnico de nivel medio? Ou por que um analista do judiciário ganha quase o dobro de um pesquisador com doutorado?

terça-feira, 22 de julho de 2008

Eliminador de redundância

Esse script recebe qualquer arquivo, e elimina elementos repetidos dentro de uma lista. Pode ser aplicado a diversas tarefas!

#!/usr/bin/perl
use strict;

my %unique;
while ( <> ) {
chomp;
$unique{ $_ } = 0;
}
foreach my $line ( keys %unique ) {
print "$line\n";
}

quarta-feira, 16 de julho de 2008

FireFox add-ons!

Recomendação de add-ons muito úteis para bioinformatas e utilização no dia-a-dia:

FoxMarks
AdBlock Plus
BugMeNot
Abduction!
BioBar (dica da MJ)
GetFile
DownThemAll!
Flagfox
Sugestões são bem-vindas!

segunda-feira, 14 de julho de 2008

Portal do Professor

Não tem muito a ver com Bioinformática, mas acho que vale a pena comentar...
Para os professores de níveis fundamental/médio, o MEC criou um Portal com planos de aulas especialmente voltado para maior utilização dos computadores disponíveis na escola. Fiz parte da fase inicial desse projeto, que foi intermediado pelo CESPE. A grande maioria dos elaboradores dessas aulas são mestres formados/em formação pela UnB, o que garante a excelência das aulas. Todos os planos de aulas foram conferidos por um rigoroso processo que envolve revisão de português e revisões por professores doutores da UnB. Estão disponíveis aulas de todas as disciplinas (exceto Artes e Português, por enquanto). O site é livre e permite inclusive que professores criem e depositem suas próprias aulas.
Confiram!
http://portaldoprofessor.mec.gov.br/

quinta-feira, 10 de julho de 2008

Renomeador em massa

Sua grande chance para mudar todos aqueles .txt em .fas!! :)

#!/usr/bin/perl -w
use strict;

#Renomeia todos arquivos de um dir com determinada terminação
#Status: testado, funcionando

if ($#ARGV <0) {die "\n$0 dir filetype tag\n";}
my $dir = $ARGV[0];
my $filetype = $ARGV[1];
my $tag = $ARGV[2];

$filetype =~ s/\.//;
opendir(DIR, $dir) or die "\nErro ao abrir pasta $dir: $!\n";
my @lista = readdir(DIR);
my $count = 1;
foreach my $elemento (@lista) {
if ($elemento =~ /^\.*$/) {next;}
elsif ($elemento =~ /\.$filetype/) {
rename("$dir/$elemento", "$dir/${tag}_${count}.${filetype}");
$count++;
}
}
$count--;
print "\nRenomeados $count arquivos.\n";
exit;

More for Windows!

-Já precisou transferir um arquivo via SSH para uma máquina Linux só para ler um arquivo grande de forma decente?
-Seu Windows sempre trava sempre que vc tenta abrir aquele arquivo de 250Mb no WordPad?

Seus problemas se acabaram-se! :)
Use o script que simula o more do Linux e seja FELiZ!

Código: more.pl
#!/usr/bin/perl


if ($#ARGV<0) {die "Usage: $0 file\n";}
my $count = 0;
while (<>) {
$count++;
print $_;
if ($count > 20) {
$count = 0;
my $trash = ; chomp $trash;
}
}


Mais besta, impossível...